Aeropuertos Argentina 2000 finalizó con la implementación de las certificaciones del Sistema de Gestión de Calidad ISO9001:2000. Hoy AA2000 es la primera empresa en el mundo que tiene certificado el 100% por ciento de las direcciones y gerencias que la conforman.
Las normas ISO9000, son herramientas que ayudan a mantener los estándares de calidad de los diferentes procesos de la compañía, lo que permite ofrecer un servicio de excelencia. Desde el comienzo, la compañía mantiene el compromiso de lograr los más altos rendimientos en todas sus áreas. Para ello, se comenzó a aplicar este sistema, que busca proporcionar de una forma coherente, servicios que cumplan con los requisitos del cliente y los reglamentos aplicables. Aeropuertos Argentina 2000 es el primer sistema de aeropuertos en contar con esta certificación, y es un caso único en el mundo.
La cultura de la norma ISO 9001:2000, para que sea realmente eficiente, requiere que todos los sectores que conforman la empresa se compenetren funcionalmente y logren tener un  solo lenguaje dentro de ella. No se puede llevar adelante, en la práctica, un sistema de gestión, como es ISO 9001:2000, orientado a la mejora contínua, sin que todas las partes que aportan al funcionamiento integrado, trabajen y se controlen bajo criterios únicos. Asegurar un criterio de calidad unificado, en la diversidad de sectores que posee la compañía, representa un premio a la profesionalidad de los empleados y de quienes guiaron la implementación.
El proceso  ISO 9001:2000, se inició en cada uno de los aeropuertos, pero después de un periodo de desarrollo se concluyó que era fundamental que participaran las Direcciones corporativas. En efecto, los aeropuertos desarrollaban sus mecanismo operativos propios pero quedaban sin implementar procesos que se llevan a cabo en la sede de AA2000 y que son básicos para el funcionamiento de las terminales. Es por esto que se implementaron acciones correctivas cruzadas entre unidades operativas. Una acción que permitió perfeccionar y hacer de la empresa un sistema integral efectivo.