El aeropuerto ya existente en la isla Baltra será rediseñado con una inversión de unos 20 millones de dólares, y las obras estarán a cargo del  consorcio argentino Corporación América de Eurnekian.
Las islas Galápagos fueron incluidas el año pasado por la UNESCO en la lista de Patrimonios Naturales en peligro debido al crecimiento desordenado de la población, la introducción de especies y la falta de control en el ingreso de turistas, que crece un 9 por ciento anual.
Es por el aeropuerto de la isla de Baltra donde ingresa la mayor parte de los 140.000 turistas que anualmente visitan  el Archipiélago de Colón (Islas Galápagos), principal destino turístico de Ecuador.
Por este motivo el subsecretario de aeropuerto y transporte aéreo de ese país, Guillermo Bernal dijo, “Es un proyecto con el que estamos demostrando la preocupación por las Galápagos y su conservación”.
Con este primer y único aeropuerto ecológico se conservarán la vida de cientos de iguanas terrestres, una de las principales especies en extinción en la isla de Baltra.
La infraestructura de la actual terminal será reemplazada por otra construida con materiales de bajo impacto ambiental y está prevista su inauguración en el año 2009.
La puesta en marcha de esta iniciativa se basa en una nueva etapa que inicia Corporacion América bajo la característica de «Green Building», respetando el cuidado ambiental y la naturaleza. Se trata de un proyecto único en una de las áreas naturales más significativas del mundo.
El proyecto, que forma parte de un  plan gubernamental, busca adaptar las condiciones climáticas de Baltra a la operación de la terminal, con lo que se dejaría de usar energía eléctrica y ventilación artificial para utilizar luz solar y viento.
Las particularidades de este nuevo aeropuerto serán un diseño bioambiental, bajo consumo de energía, sin aire acondicionado, con ventilación e iluminación natural; uso eficiente y racional del agua, reciclaje de aguas, utilización de artefactos eficientes, uso del agua de lluvia y también se aplicarán materiales sustentables.
Este aeropuerto será un ejemplo de la simbiosis que se puede hacer con el transporte aéreo y el medio ambiente en todo contexto natural.
La arquitectura expresará el funcionamiento con líneas sencillas y respuesta al clima, bajo impacto ambiental y restauración del paisaje.
El proyecto comenzará a fines de octubre y, para garantizar la estabilidad del ecosistema durante la construcción, se harán controles ambientales contiguos; se emplearán mecanismos especiales en la obra para disminuir niveles de polvo y se reemplazará parte de la maquinaria pesada por mano de obra y los implementos para mezclar cemento y hormigón no tendrán químicos.