Este Parque pertenece a la eco-región selva de Las Yungas o selvas de montaña del noroeste argentino y puna, cuyo clima es cálido húmedo a subhúmedo, con lluvias estivales de entre 900 y 1300 mm. Se encuentra integrada a las sierras subandinas, en altitudes que varían entre 400 y 3000 m.
El PN Calilegua se caracteriza por tener un relieve quebrado con profundos cañadones esculpidos por arroyos y ríos de marcada pendiente, como así también cordones montañosos con picos de más de 3.000 metros.
Para los amantes del trekking este Parque Nacional brinda la posibilidad de acceder caminando a los Cerros Amarillo y Hermoso. También, realizando una travesía de varios días, puede llegarse hasta la Quebrada de Humahuaca.

Historia
El área estuvo ocupada desde tiempos remotos por grupos indígenas. Sus asentamientos se ubicaban en lomas bajas cercanas a los terrenos llanos para cultivo. Los sitios y materiales arqueológicos hallados en el parque, como piezas de cerámicas y hachas de piedra pulida, guardan relación con las sociedades que habitaron en la región de yungas del norte argentino. A partir del siglo XV, este territorio fue ocupado por los incas que construyeron instalaciones en las que se funden distintos aspectos de la organización social, política y económica del Imperio, donde el significado simbólico, ritual, astronómico y político está presente y forma parte indivisible de toda la cosmovisión incaica.
En la actualidad, toda esta región se encuentra habitada por comunidades koyas, y guaraníes herederos de aquellas sociedades del pasado, socios indispensables para mantener el corredor de las yungas a lo largo de todo el noroeste argentino.

Recursos naturales
Este Parque posee cordones montañosos con picos de más de 3.000 metros de altura. Sobresalen por su magnitud los Cerros Hermoso, Amarillo y Morro Alto y la Serranía del Socavón.
Desde los cerros descienden varios arroyos y ríos que desembocan en los ríos San Lorenzo y Ledesma en la zona sur, o en el río de las Piedras en el norte. Todos estos cursos de agua desembocan finalmente en el río San Francisco, que fluye hacia el noreste hasta su confluencia con el río Bermejo. La mayor parte del Parque está cubierta por la vegetación típica de las Yungas. La misma, debido a su difícil acceso, se encuentra muy poco alterada por la acción humana.
La selva de transición es escasa y posee en sus partes inferiores algunos elementos chaqueños, mientras que la selva montana trepa hasta los 1.800 metros. Por encima se encuentra el bosque montano con alisos y pinos del cerro y finalmente los pastizales de altura. En la selva montana subsisten yaguaretés, tapires y lobitos de río. Se pueden encontrar murciélagos (como el frutero chico oscuro) que se refugian entre las hojas de los árboles. En la zona también habita el murciélago hocicudo, que se alimenta de néctar al tiempo que poliniza las flores, resultando importante para el mantenimiento de ciertas plantas de la selva.
Entre los roedores se encuentran el acutí rojo y el tuco-tuco yungueño En los pastizales de altura habita la taruca o huemul del norte. Este es un ciervo de coloración grisácea (de menor tamaño que su pariente andino-patagónico). Se lo encuentra llegando al límite de las nieves perpetuas, aunque prefiere los valles más ricos en vegetación, en zonas de mayor seguridad. La avifauna está compuesta aproxi-madamente por 400 especies. Se destacan el tucán grande, la pava de monte alisera,el jote real, el batará gigante, el burgo, y varias especies de picaflores y pájaros carpinteros. En la Sierra de Calilegua vive la rana marsupial jujeña, ahora también registrada en otros sitios similares.

Paseos y servicios
La Intendencia de este Parque Nacional se encuentra en la localidad de Calilegua. Hay dos Seccionales de Guardaparques: “Aguas Negras” y “Mesada de las Colmenas”. Ambas se ubican sobre la Ruta Provincial Nº 83 que atraviesa el Parque. Desde la localidad de General San Martín se cruza el puente del río San Lorenzo y se gira a la izquierda 8 km por un camino de ripio, hasta la puerta del parque, allí se encuentra la seccional del guardaparque, sobre la mano derecha.
Hay un colectivo que sale de la terminal de Gral. San Martín a las 8,30 horas y llega hasta la localidad de Valle Grande atravesando todo el Parque Nacional. A las 14 h regresa por el mismo camino. Desde Valle Grande se puede continuar a pie por un camino de cornisa hasta la localidad de Valle Colorado (se estima aproximadamente 4 hs de caminata), luego continuar hasta la localidad de Santa Ana, que se encuentra a 4.000 m de altura, y desde allí tomar una camioneta a Humahuaca.
A pocos metros de la entrada del Parque Nacional, se encuentra el camping agreste Aguas Negras que cuenta con parcelas con fogones, sanitarios con agua corriente y en los períodos de alta afluencia turística, posee servicio de proveeduría.
El Sendero Intercultural Guaraní “Nuestra Selva”, adyacente al camping recorre la Selva Pedemontana en un tramo de 600 metros, a través del cual, guías Guaraníes cuentan su historia y los rasgos más importantes de su cultura. Al final del mismo, se halla la Tenta o Casa Guaraní.
El Sendero La Herradura: parte a 100 metros de la Seccional de Aguas Negras, sobre la mano derecha de la ruta. Recorre un tramo de selva Pedemontana con poca dificultad y es recomendado para grupos escolares y personas de cualquier edad con capacidades diferentes.
Mirador del Río San Lorenzo: ubicado a 180 metros de la Seccional de Aguas Negras sobre mano izquierda de la Ruta Provincial Nº 83. Se puede observar una hermosa vista del valle del río San Lorenzo.
El Sendero a la Lagunita: parte a 2 km de la Seccional de Aguas Negras, a mano derecha de la ruta. Recorre un hermoso tramo de transición entre selva pedemontana y montana hasta una pequeña laguna. Tiene la alternativa de regresar por el arroyo de Aguas Negras. Presenta dificultad media.
El Sendero Tataupá: parte a 2,5 km de la Seccional de Aguas Negras, de la mano izquierda de la ruta. Recorre la Selva Pedemontana y se regresa por el cauce del Arroyo Negrito. Presenta dificultad alta. Se recomienda especialmente realizarlo acompañado de guías habilitados  (solicitar informes en la seccional o la Intendencia del Parque).
Sendero de la Junta: parte a 3 km de la Seccional de Aguas Negras, sobre la mano derecha de la ruta. Desde un pequeño mirador, se puede observar la unión de los arroyos de Aguas negras y Toldos, regresando por el Arroyo Aguas Negras hasta la seccional de Guardaparques. La dificultad que presenta es alta.
Sendero El Negrito: comienza a 100 metros de la Seccional Mesada de las Colmenas. Subiendo por la ruta a mano izquierda, recorre Selva Montana llegando al Arroyo Negrito. El regreso se realiza por el mismo camino. Presenta dificultad alta y se recomienda realizarlo acompañado de guías habilitados.
Bicisenda El Tapir: se inicia en el mismo punto que el Sendero La Junta, y a 200 m se aparta, por una senda especialmente pensada para el disfrute de los amantes del ciclismo de aventura. Regresa por el cauce del Aº Aguas Negras. Nota: previo al ingreso a la bicisenda es obligatorio llenar un formulario de registro en la seccional del Guardaparques.
Cicloturismo: existe un servicio de excursiones guiadas en bicicleta, que realizan distintos recorridos por senderos del parque. Para contratar el servicio, comunicarse con la Intendencia del Parque.

Recomendaciones
En el parque no  hay agua potable. Se recomienda ingresar con el agua necesaria para la estadía en el mismo. Llevear repelente contra insectos. En caso de contratar un guía, hacerlo previo al ingreso al parque.
A 3.000 metros de altura, fuera del límite del Parque, existe un pequeño caserío llamado Alto Calilegua, al que sólo se llega a lomo de mula o a pie. En esa área existen restos de fortificaciones incaicas que agregan valor arqueológico a la región.
Los amantes de la montaña tienen como alternativa la posibilidad de acceder caminando a las zonas altas del Parque, a los Cerros Amarillo y Hermoso. Es posible realizar una travesía de varios días comenzando en el Parque Nacional para llegar a la Quebrada de Humahuaca. Luego de abandonar los límites del Parque, se llega por la Ruta Provincial Nº 83, a la localidad de Valle Grande, desde allí se continúa a pie o a caballo hasta Tilcara o Humahuaca, en la quebrada homónima. Para realizar este tipo de recorrida deberá recurrir a agencias de viajes especializadas.
Fuente: Administracion de Parques Nacionales
www.parquesnac