Destino de pesca por excelencia en la Patagonia gracias a la privilegiada combinación de diversidad paisajística y calidad de ejemplares, la pesca con mosca (fly-fishing) es quizás la técnica que más disfrutará el pescador en Junín de los Andes. Las especies con mayor presencia son: la Trucha Arco Iris, Marrón, Trucha de Arroyo o Fontinalis y Salmón Encerrado.  Mientras que entre las especies autóctonas atraen el Pejerrey Patagónico y la Perca.
La temporada de pesca comenzará el próximo 12 de noviembre y se extenderá hasta el 1º de mayo de 2011. Cada año, pescadores de Argentina y de todo el mundo viven una experiencia única en los ríos Chimehuín, Huechulafquen y Epulaufquen.
 La única exigencia es contar con el permiso de pesca regido por el Reglamento Continental Patagónico. Muchos eligen la compañía de los guías habilitados por la provincia de Neuquen y por Parques Nacionales: esto les garantiza la orientación de quienes conocen bien cada lugar y, muchas veces, cuentan con equipamiento que optimiza las salidas.
Junín de los Andes brinda a los pescadores distintas modalidades de pesca que pueden realizar como son: Spinning, Trolling y Pesca con Mosca.