Con el ferrocarril habilitado en mayo de 1889 en el tramo Trelew–Puerto Madryn, el puerto se convirtió en la puerta de entrada y salida de la Colonia. Ante la creciente actividad, al poco tiempo resultó exiguo, lo que motivó la construcción del muelle Comandante Luis Piedra Buena.
Por allí se embarcaba todo tipo de mercaderías con destino a Buenos Aires como así también hacia otros puertos patagónicos y al exterior. Luego, este movimiento de cargas fue languideciendo con el avance del asfalto de la Ruta Nacional Nº 3.
En 1957 se creó la empresa estatal Administración General de Puertos, ya que entonces la administración y explotación de los puertos estaba en manos de una rama interna de los ferrocarriles.
En los ´60 se construyó el Gasoducto y el muelle pasó a recibir gran parte de los materiales y maquinarias que intervinieron en su construcción.
En enero de 1972 se amarra el primer crucero en el muelle Piedra Buena. En el mismo año, el Gobierno Nacional propicia la construcción de la planta de aluminio de Aluar en Puerto Madryn para lo cual el muelle se transforma en herramienta debido a que por allí ingresan los materiales y elementos necesarios para levantar la planta productora y, además, se descargan los materiales para la construcción de la Presa Hidroeléctrica de Futaleufú.
Una vez habilitado el muelle Almirante Storni en 1975, el Piedra Buena queda reservado exclusivamente para embarcaciones pesqueras y actividades deportivas.
En 1981 el muelle viejo pasa a llamarse Teniente Coronel de Marina Don Luis Piedra Buena, que luego deriva en Comandante Luis Piedra Buena, esto ya bajo la potestad del municipio de Puerto Madryn, que ese mismo año había solicitado a la Administración General de Puertos (AGP) la transferencia del muelle para su explotación.
El Muelle permanece bajo la órbita municipal hasta 1985, cuando es restituido a la Administración General de Puertos (AGP) debido al visible deterioro y falta de mantenimiento que presentaba su estructura.
En ese momento la Prefectura Naval Argentina lo inhabilita para operar, pasando toda la actividad pesquera a desarrollarse en el Muelle Storni, por lo que queda cerrado también al acceso público debido a las precarias condiciones.
Tal situación perdura hasta 1987, cuando AGP transfiere la explotación a la provincia del Chubut, que en 2000 lo transforma en muelle de cruceros.
El 31 de octubre se inaugura para el amarre de cruceros, además de ser recuperado para la comunidad de Puerto Madryn como espacio público de recreación y